جعفر در بلوار وکیل آباد مشهد با شلیک مستقیم گلوله به سر کشته شد. به گفته یکی از نزدیکان او

شاهدان عینی دیده اند که او در صف اول جمعیت معترضان که دست خالی بودند ایستاده بود و فریاد می زد «نترسید نترسید ما همه با هم هستیم».

پس از شروع تیراندازی در شلوغی گم می شود و خانواده اش دو روز به بیمارستان ها کلانتری ها و دیگر مراکز مراجعه می کنند. از روز سوم جست وجو در قبرستان ها و حتی زندان ها را آغاز می کنند.

پس از یک هفته پیکر او در سردخانه بهشت رضا مشهد شناسایی می شود؛ برادرش زیپ کیسه جسد را باز می کند و او را می شناسد.

پیکر با تعهد گرفتن از پدربزرگ خانواده که جانباز است تحویل داده شد.

خانواده اجازه برگزاری مراسم عزاداری آزادانه نداشتند و با فشار و محدودیت روبه رو بودند. او در بهشت رضا به خاک سپرده شد.

جعفر تعمیرکار موبایل بود و از نظر مالی وضعیت بدی نداشت اما به گفته خانواده اش «برای اعتراض به ظلم و دفاع از هموطنانش به خیابان رفته بود.»