Mohammad Javad Parandakh participated in protest gatherings against the election results alongside many students from Isfahan University of Technology. He then returned to his home in Gilan-e-Gharb. A few days after his return, on 15 July 2009, his father received a phone call from the Gilan-e-Gharb Intelligence Office and was informed of a summons issued against his son. Mohammad Javad Parandak was required to present himself to the Isfahan Intelligence Office on 19 July 2009, facing charges of arson and destruction of government property. He was temporarily released on bail of 30 million tomans. On the specified date, Parandak, accompanied by his father, reported to the Isfahan Intelligence Office and was summoned again for 24 August 2009. During his next visit on 24 August 2009, Parandak was interrogated for two consecutive days from morning until night. On the morning of the third day, 26 August 2009, he left home intending to attend the Intelligence Office. However, around 10 a.m., his father received a call from the office stating that Mohammad Javad had not arrived for further questioning. His father began searching the surrounding streets and eventually found his son's body under a pedestrian bridge. The body was transferred to the forensic department, where the cause of death was declared as "blunt force trauma to the head." Parandak's body was buried in his hometown of Gilan-e-Gharb.
Reports suggest that Parandak was subjected to torture and assault during interrogation, leading to mental distress and subsequent suicide. These reports have not been confirmed or denied.
On 6 October 2009, a memorial service for Mohammad Javad Parandak was held at Isfahan University of Technology, attended by approximately 200 students and classmates. It was noted that after the event, several participants and organisers were summoned by the university's security office and were compelled to provide written commitments.
محمدجواد پرنداخ در کنار بسیاری از دانشجویان دانشگاه صنعتی اصفهان، در تجمعات اعتراضی به نتیجه انتخابات شرکت کرد و سپس به منزل خود در گیلان غرب بازگشت. چند روز بعد از بازگشت، در تاریخ ۲۴ تیر ماه ۱۳۸۸ در پی تماس تلفنی از اداره اطلاعات گیلان غرب، پدر آقای پرنداخ به آن اداره مراجعه کرد و از صدور احضاریه علیه آقای فرزندش مطلع شد که می بایست به اتهام آتش سوزی و تخریب اموال دولتی در تاریخ ۲۸ تیرماه ۱۳۸۸ خود را به اداره اطلاعات شهر اصفهان معرفی کند. محمدجواد پرنداخ با تودیع وثیقه ۳۰ میلیون تومانی موقتا آزاد شد. در تاریخ مقرر، آقای پرنداخ به همراه پدرش به اداره اطلاعات اصفهان مراجعه کرد و برای تاریخ دوم شهریور ماه احضار مجدد شد. در پی مراجعه بعدی در تاریخ ۲ شهریور ۱۳۸۸، آقای پرنداخ طی دو روز متوالی از صبح تا شب تحت بازجویی قرار گرفت. صبح روز سوم (۴ شهریور ۱۳۸۸) آقای پرنداخ به قصد حضور در اداره اطلاعات منزل را ترك کرد، اما حدود ساعت ۱۰ صبح از اداره اطلاعات با پدرش تماسی گرفته شد و و به او گفته شد که محمدجواد برای ادامه بازجویی ها نیامده است. پدر آقای پرنداخ در خیابان های اطراف شروع به جستجو کرد و پس از مدتی، جسد فرزندش را در زیر یک پل عابر پیاده پیدا کرد. جنازه به پزشکی قانونی منتقل و پس از نیم ساعت، علت مرگ «اصابت جسم سخت به سر» اعلام شد. پیکر آقای پرنداخ در زادگاهش گیلان غرب به خاک سپرده شد.
شنیده ها حاکی از آن است که آقای پرنداخ در زمان بازجویی مورد شکنجه و تجاوز قرار گرفته بود و متعاقب آن به خاطر مسائل روحی دست به خودکشی زده است. این خبرها تأیید یا رد نشده اند.
روز سه شنبه ۱۴ مهر ۱۳۸۸ مراسم یادبود محمد جواد پرنداخ با حضور حدود ۲۰۰ نفر از دانشجویان و همکلاسی های وی در دانشگاه صنعتی اصفهان برگزار شد. لازم به ذکر است بعد از اتمام برنامه چند تن از شرکت کنندگان و بانیان مراسم به حراست دانشگاه احضارشده و با اجبار از آنان تعهد گرفته شد.