ناصر وفایی، در آبان ماه ۱۳۱۰ خورشیدی در همدان به دنیا آمد. او تحصیلات ابتدایی خود را در همدان به پایان رساند و سپس به همراه خانواده به تهران نقل مکان کرد. ناصر وفایی تحصیلات متوسطه را در تهران به پایان رساند و در رشته پزشکی در دانشگاه تهران ادامه تحصیل داد. پس از فارغ التحصیلی، به استخدام وزارت فرهنگ درآمد و به شهرستان بیجار در استان کردستان اعزام شد تا ریاست بهداری آموزشگاه ها را بر عهده گیرد.
پس از یک سال و نیم خدمت در بیجار، در سال ۱۳۳۸ به همدان منتقل شد و تا زمان دستگیری و اعدام در نخستین سال های پس از انقلاب ۱۳۵۷، در این شهر به طبابت و زندگی پرداخت. او علاوه بر طبابت در مطب شخصی، مسئولیت های عمومی مرتبط با حرفه اش را نیز بر عهده داشت، از جمله مسئولیت اداری طرح تغذیه رایگان مدارس و ریاست بهداری و کلینیک آموزشگاه های استان همدان.
در سال ۱۳۴۰، ازدواج کرد و صاحب دو دختر شد. حدود یک سال پیش از انقلاب اسلامی، با همسرش به آمریکا سفر کردند و تصمیم به مهاجرت گرفتند، اما به دلیل نزدیک بودن به بازنشستگی، در ایران ماندند.
صبح روز ۱۸ مرداد ۱۳۵۹، ناصر وفایی در مطبش بازداشت شد و ۱۰ ماه بعد، در ۲۴ خرداد ۱۳۶۰، به همراه شش بهایی دیگر، تیرباران شد. اجساد این هفت بهایی در مقابل بیمارستان امام خمینی رها شد. در بدن ناصر وفایی، جای پنج گلوله دیده می شد و او پیش از اعدام به شدت شکنجه شده بود.
حکم اعدام از سوی حاکم شرع وقت همدان در یک دادگاه غیرعلنی صادر شده بود و متهمین از داشتن حق وکیل محروم بودند. پس از اعدام، کلیه اموال و دارایی های ناصر وفایی و همسرش به نفع حکومت اسلامی ضبط و مصادره شد.
